尽管气相色谱仪NPD是选择性的检测器，但是从防止检测器(铷珠)和气相色谱仪色谱柱污染的角度，在分析时还是应尽可能对样品进行净化。卤素化合物对NPD分析有影响，注意如果是用氯甲烷提取样品，在最终分析前一定要将其除尽。


和其它气相色谱仪检测器一样，在一段时间的分析过程中，铷珠的响应值会有变化，影响灵敏度和定量结果，可采取的办法之一是样品和标样间隔进样。只要谨慎有耐心，气相色谱仪NPD是可以达到好的灵敏度与稳定性的。